Чакральная система зародилась в Индии во многом благодаря йоге. Сложно точно определить, где ее истоки, ведь, скорее всего, суть системы передавалась устно от поколения к поколению и задолго до того, как местные жители научились читать и писать. Эзотерические тексты о чакрах датируются примерно десятым веком нашей эры. Это период господства философии тантрической йоги, а он длился примерно с 500 до 1200 гг. н. э.