Kitabı oku: «Identidad jesuita entre dos mundos», sayfa 4

Empero, más allá de todos aquellos aspectos destacados de su gestión como provincial, esta quedará marcada por los problemas de relaciones que tuvo con numerosos e importantes padres de la provincia, al punto que esta se dividió en dos bandos, casi sin que quede colegio o casa que no se viera afectado por esa situación190. ¿Qué fue lo que generó este estado de cosas? Varios son los problemas que se entrecruzan, algunos de los cuales no quedan claros, debido a las limitaciones de la documentación disponible. Un papel significativo, sin duda, jugó la personalidad del padre Juan Sebastián. Como lo señalamos previamente, antes de que asumiera el provincialato, la superioridad en Roma tenía claro que era una persona de fuerte carácter, pero el general esperaba que en el cargo moderara su “celo” y de hecho recibió informes de que así habría ocurrido en una primera etapa. Sin embargo, con el correr del tiempo, volvieron las quejas en ese sentido, que llevaron al general a escribirle en 1597 para que moderase las exigencias a sus gobernados, a los que debía tratar de un modo “suave, paterno y amoroso”, y evitar aplicarles la misma austeridad, penitencia y rigidez con que se trataba a sí mismo191. En la carta en que le hacía notar lo anterior, Aquaviva también se refería a otra cuestión que, sin duda, incidió en las desavenencias que se produjeron. Le decía a Juan Sebastián que había recibido comentarios de varios padres, de distinta categoría y personalidad, que le hacían notar la tendencia que tenía el provincial de rodearse solo de algunos, los más cercanos a su persona, a los cuales “condesciende mucho más que con los otros”. En suma, pareciera que,

a los ojos de numerosos padres de la provincia, Juan Sebastián se rodeaba solo de sus fieles, a los que, además, daría un trato preferente192.

A todo lo anterior se agregaban otros factores que, en mayor o menor grado, contribuyeron a la división. Al tenor de la documentación, pareciera que también influyó el componente generacional, pues su sucesor al frente de la provincia, al hacer un recuento del estado en que la encontró, señalaba que el bando contrario a Juan Sebastián lo componían algunos padres destacados “y muchos otros de los mozos”193, mientras que con aquel estaban “muchos de los padres antiguos”194. Esto pudo tener relación con otra de cuestiones que enturbiaba las relaciones al interior de la provincia y sobre la cual el padre Juan Sebastián tenía una postura muy clara: la presencia de los criollos y los mestizos en la Orden195. El asunto de la admisión en la Compañía de sujetos nacidos en estas tierras fue materia de discusión en el seno de la provincia desde los primeros años de su establecimiento, y se acentuó en la década de 1580, sobre todo a raíz de lo acontecido con el padre Blas Valera196. Se cerraron las puertas de ingreso para los mestizos y la presencia de criollos fue cuestionada con insistencia, porque se les atribuían defectos incompatibles con la condición de miembros de la Compañía. Algunos padres –Juan Sebastián, entre ellos– estaban por limitar su incorporación197, como de hecho se acordó en la tercera congregación provincial, celebrada el 14 de diciembre de 1582198. El resultado fue un creciente descontento de los padres criollos que se sentían marginados por los peninsulares, que gobernaban la provincia199. El padre Rodrigo Cabredo, en su análisis previamente comentado, alude a este tema, y se identifica con la postura mayoritaria de los peninsulares, que atribuían parte de los problemas que se vivían a “la flaqueza grande de los naturales de esta tierra nacidos en ella y aún de los criados desde niños, que es más de lo que puedo decir, y así caen y tropiezan con más facilidad metidos en los ministerios, particularmente en tierra de suyo tan ocasionada como ésta”200.

Posiblemente, más allá de todas esas cuestiones, el factor de mayor significación en las desavenencias que se produjeron en esta época tiene que ver con las políticas de evangelización y la importancia que debía dárseles en el contexto del quehacer de la provincia. La división se personificó, por una parte, en la figura del provincial padre Juan Sebastián y sus más cercanos, los padres Baltasar Piñas, Esteban de Ávila y Joseph Teruel y, por otra, en el padre Diego Torres Bollo y sus seguidores, entre ellos el padre Juan Beltrán201. La tensión existente habría quedado de manifiesto de manera muy explícita en la Congregación provincial, celebrada en diciembre de 1600, bajo el provincialato del padre Rodrigo Cabredo.

En esa oportunidad, los padres Juan Sebastián y Baltasar Piñas habrían tratado de evitar que el padre Diego de Torres fuera nombrado procurador en Roma y, al no resultarles la maniobra, “juzgaron que los de la Congregación se habían concertado en sacar al padre Torres”202. Las desavenencias entre estos padres venían desde hacía un tiempo. El padre Frías acusa al padre Sebastián de ignorar a Torres durante su mandato e incluso de humillarlo. Él atribuye el distanciamiento a las diferencias de caracteres, muy rigorista el primero y de “espíritu más suave” el segundo. Lo señalado por el padre Frías no se condice –en parte, por lo menos– con la realidad de los hechos y con otro tipo de fuentes. La afirmación de que el padre Sebastián no tomó en consideración al padre Torres es insostenible, pues, en 1595, lo designó secretario y compañero en la visita que realizó a la provincia y que se extendió hasta 1597203. Un asunto distinto es que, a lo mejor, a raíz de esta expedición, las relaciones hubieran terminado mal. En cuanto al carácter de uno y otro, tampoco es como lo presenta el padre Frías, pues, según el catálogo secreto de 1601, al padre Torres se le califica como “colérico sanguíneo”, al igual que al padre Sebastián204. En suma, todo parece indicar que había cuestiones más profundas tras ese distanciamiento, tanto como para que los padres Sebastián y Piñas pudieran haber temido que el padre Torres, una vez en Roma, trataría de ser nombrado provincial205 o de imponer sus ideas respecto de la acción misional. Fuesen esas o no las razones que tuvieron aquellos para tratar de evitar que se le nombrara procurador, lo cierto es que rechazaban al padre Torres por las políticas que defendía respecto de la evangelización de los indios.

En una fecha tan temprana como el año 1581, habían quedado en evidencia las diferencias sobre la política de misiones entre el padre Torres y el padre Piñas. El tema era la aceptación o no de las doctrinas de indios por parte de la Compañía y más específicamente el mantenimiento de la doctrina de Juli que se había asumido a instancias del padre José de Acosta y en contra de la opinión de varios padres, porque contradecía las constituciones de la Orden y daba pábulo a la intervención episcopal206. En la Congregación de 1600, el tema central que estuvo en debate fue el de las misiones, reflejado en el intento de algunos padres de imponer el aprendizaje de la lengua a aquellos que no la sabían, bajo el apercibimiento de no darles ocupación alguna hasta que la aprendiesen207. Asociado a aquel tema estuvo el de la división de la provincia, que buscaba crear nuevas estructuras de gobierno para las zonas más alejadas y donde la tarea misional era la central208. Por lo mismo, los padres que trabajaban con los indígenas estuvieron por apoyar la candidatura para procurador del padre Torres, el que era valorado por su dedicación a esas tareas209. En el bando opuesto, estaban aquellos que consideraban peligroso otorgarles a las misiones un lugar no solo preponderante, sino excluyente en el quehacer de la Compañía en la provincia, pues existía una importante población hispana, que contribuía al sostén de la Orden y que también requería del amparo intelectual y espiritual de esta. El paladín de esta postura era el padre Diego Álvarez de Paz, en ese entonces rector del colegio del Cusco, quien veía peligroso que no se insistiera suficientemente en la formación académica de los padres en general, pues “si no hay letrados todos seremos idiotas y en los ministerios haremos mil yerros”. La exigencia de aprendizaje de las lenguas nativas para todos los padres sería una manifestación clara de la equivocada política que se quería imponer210, ya que se trataba de aplicarla sin distinciones y a sujetos que no tenían aptitud para ello y más cuándo no todos los padres iban a trabajar con los indios. El padre Álvarez de Paz atribuía la desunión que se experimentaba en la provincia al hecho de favorecerse el ministerio de los indios “tan sin medida y no hacer caso de los otros”, y responsabilizaba al padre Diego Torres de haber sido excesivo en “apretar que todos sepan la lengua, con inquietud de algunos”211. Sin embargo, tampoco aparece el padre Álvarez de Paz claramente alineado con el padre Juan Sebastián, pues, en la misma carta que estamos citando, critica su gestión como provincial en este aspecto, al haber insistido en que los padres hiciesen de todo, sin distinguir entre las diferentes capacidades, y empeñarse en el aprendizaje de las lenguas212. La posición contraria, la de los misioneros, la expresaba el padre Nicolás Mastrillo Durán, a la sazón superior de Juli, quien responsabilizaba de los males que experimentaba la provincia a aquellos padres que rehuían el ministerio con los indios por considerarlo un oficio bajo, al tiempo que buscaban solo la “honrilla”, es decir, desempeñar actividades que dieran renombre. Insistía en la importancia del conocimiento de la lengua y solicitaba al general, como una forma de lograr su aprendizaje, que este se exigiera “con censuras, que ni confiesen ni prediquen a españoles, ni administren oficio de superior sin saber predicar a los indios”. Agregaba que aquellos que no la sabían se ocupaban “de los españoles y que, dado que estos eran muy pocos, estaban todo el día estudiando o en buena conversación con seglares”213.

El gobierno del padre Juan Sebastián se prolongó hasta el año 1599 por la demora en el nombramiento y el viaje de su sucesor, Rodrigo Cabredo214. Es posible que al dejar el cargo hubiera pensado alejarse de la provincia. Con todo, el visitador Esteban Páez abogó por su permanencia ante el general, atendiendo a las cualidades que poseía, lo cual fue avalado por aquel215. Lo cierto es que a fines de 1600 participó como diputado en la sexta congregación provincial216 y pronto le fueron asignadas otras responsabilidades. De hecho, quedó como consultor de la nueva autoridad, cargo en el que continuó con el siguiente provincial, el ya mencionado Esteban Páez. A eso se agregó su designación, en 1604, como prefecto de espíritu del colegio de San Pablo217. Más allá del ejercicio de esos cargos, Juan Sebastián se mantuvo muy atento a los problemas que se experimentaban en la provincia. Así, en 1604, le hacía presente al general la conveniencia de revisar el ingreso de criollos a la Compañía218; esto, posiblemente, lo planteaba a raíz de una instrucción de 1603 de Acquaviva en que se limitaba su admisión a los menores de 20 años, a diferencia de los españoles, que podían hacerlo a partir de los 16219. En mayo de 1607, volvía sobre el tema en otra carta al general220, lo que reflejaba su deseo de poner en práctica lo acordado en la congregación provincial de 1582 para tratar de disminuir las tensiones entre los padres de la provincia. En el campo de la enseñanza de teología, en 1606, se mostraba preocupado por algunos padres lectores que se apartaban de Santo Tomás, lo que motivó al general a escribirle al provincial en orden a que hiciera cumplir lo establecido sobre el particular por la quinta congregación general221. También, hizo presente a las autoridades romanas su inquietud por las divisiones que se habían evidenciado en la congregación provincial de 1606222. Por otra parte, el general Aquaviva siempre tuvo su nombre en cuenta como posibilidad para desempeñar cargos de gobierno. De hecho, en 1603, lo proponía para rector del colegio de Quito223 y, en 1605, como viceprevincial en el Nuevo Reino224, cargos de los que Juan Sebastián pudo excusarse, al igual que del nombramiento de visitador de México225. Él, por el contrario, se mostraba cansado y deseoso de alejarse de toda responsabilidad para dedicarse a atender sus propias inquietudes y necesidades, por lo que, en 1606, solicitó autorización para retirarse a la residencia del Cercado, petición que fue acogida por el general226. En los años que estuvo sin obligaciones de gobierno, se dedicó a poner por escrito sus experiencias al frente de la Congregación de Clérigos, lo que finalmente culminó en su obra sobre el Estado clerical y sacerdotal, de la que informó al general en julio de 1607, al tiempo que solicitaba autorización para que se impriera227.

El apetecido reposo al que aspiraba el padre Juan Sebastián no logró mantenerse en el tiempo. El general Claudio Acquaviva, a pesar de conocer sus deseos y de estar en conocimiento de los problemas que había experimentado en su provincialato, en junio de 1608, lo designó para un segundo período228, el

que se inició, al parecer, en 1610229. En todo caso, en marzo de 1609, los padres de la provincia estaban al tanto del nombramiento y no faltó quien escribió al general para hacerle notar la buena acogida que había tenido tal designación230. Durante su segundo mandato, la provincia peruana llegó a tener cerca de 400 miembros, de los cuales alrededor de 140 eran sacerdotes, que se distribuían en ocho colegios, una casa de probación, cuatro residencias y dos seminarios; los estudiantes seglares que asistían a sus escuelas superaban los 500231.

En este segundo gobierno, sentó las bases de lo que será la residencia del Callao. Todos los domingos iban padres de la Compañía a predicar y hacer catequesis a los indios negros y niños, y también entregaban servicios espirituales a la gente de mar. Esta labor tuvo tanto éxito que la población pidió que la Compañía estableciera allí un colegio, lo que se efectuó finalmente en 1612 merced a una donación que le dotaba de una renta de 4500 pesos232; a partir de ese año, se contó para atender, sobre todo a la población española, con dos padres permanentes, los que disponían de una capilla y una casa233; finalmente, en enero de 1614, el general Claudio Acquaviva confirmó dicha fundación234. Además, ese mismo año, logró que se reconociera por las autoridades romanas

la instalación de la residencia de Oruro y del colegio de Guamanga235. También, echó las bases de las residencias de Saña y Lambayeque y de los colegios de Cochabamba y Trujillo236 y, en 1611, se oficializó la constitución de Nueva Granada como provincia independiente237. Durante esta gestión, visitó la provincia en compañía del padre Pedro de Oñate; también, realizó actividad misionera entre la población negra de la chacras de los alrededores de Lima238 y convocó a la Congregación provincial, que se realizó en Lima, en 1612239. Entre sus postulados más significativos sometidos a la aprobación del general, estuvo la promulgación de un breve para que los ordinarios no visitaran los curatos de la Compañía, lo que fue confirmado por la autoridad romana240; el que se hiciera una casa profesa y el permitir que “acabado el tercer año se ocupen los nuestros en ministerios de los indios”; estos dos ultimas peticiones no encontraron acogida en Roma241.

Tres fueron las cuestiones complejas que debió enfrentar Juan Sebastián durante su segundo provincialato. Ellas venían planteándose desde hacía un tiempo y habían estado entre sus grandes preocupaciones, al punto de haberle escrito al general al respecto para que tomara las medidas correctivas pertinentes. Una se refería a un asunto que se había planteado durante su primer gobierno y que, a estas alturas, constituía una preocupación constante y un factor de conflicto en las relaciones entre los padres de la provincia. Se trataba de la admisión de los criollos en la Compañía, sobre lo cual, como hemos visto, había manifestado su preocupación al general antes de asumir el segundo gobierno. En respuesta a esas inquietudes, Claudio Acquaviva, en 1609, le hizo notar su molestia con la provincia por haber actuado con excesiva liberalidad en el ingreso de criollos, sin

respetar lo dispuesto sobre la materia242. Sin embargo, por otra parte, al padre general también le preocupaba el trato que se les daba a aquellos e instruía a Juan Sebastian para que, en su calidad de provincial, les diera responsabilidades de acuerdo al talento y a la religiosidad que mostraran, para evitar las habladurías y la desunión243. A pesar de esas recomendaciones, no faltó quien continuó estimando que a los padres criollos no se les consideraba como correspondía244. No obstante, el general, ante esa crítica, contestaba que, a partir de la información que disponía, no apreciaba trato discriminatorio hacia ellos y que se les podía encontrar en cargos de gobierno, en las cátedras y en el púlpito245. Por su parte, el padre Juan Sebastián, llevado por su deseo de facilitar el ingreso de los criollos, en un memorial de 1613, solicitaba al general que se atemperara la orden que había dictado para no recibirlos si previamente no habían tenido cuatro años de vocación, es decir, de permanencia en el noviciado. Claudio Acquaviva estuvo de acuerdo con modificar la exigencia vocacional a dos años, pero nunca menos de uno completo246.

Dos años después, en 2014, en carta al rector del colegio de San Pablo Diego Álvarez de Paz, el general volvía a insistir en la necesidad de no discriminar a los criollos, a los que debía valorarse y honrarse de acuerdo a sus talentos, sin hacer diferencias, porque la Compañía no lo hacía entre las naciones. Además, instruía al provincial para que se ejecutara lo dictaminado al respecto y añadía nombres para ocupar cargos de superiores de colegios247. Con Juan Sebastián fuera del gobierno de la provincia, el nuevo general mantuvo los criterios expresados por su antecesor en cuanto a no hacer distinciones en los nombramientos a partir del lugar de nacimiento, pero no se mostró de acuerdo con las peticiones que llegaban de Perú para suprimir las limitaciones en el ingreso de criollos y abogó por que se fuera “con mucho tiento en recibir, no alargando la mano en el número más de lo que conviene”248. Con todo, el problema de relaciones entre criollos y europeos en vez de disminuir, habría empeorado, como se desprende de una carta del general del año 1618, en la que señalaba estar con mucha preocupación al respecto, tanto como para temer un gran quiebre si no se ponía pronto “eficaz remedio”249. Al final de la vida de Juan Sebastián, el general continuaba teniendo la impresión de que ese problema, en vez de mejorar, tendía a agravarse, y lo decía con dolor de su corazón, pues tal estado de cosas contravenía los principios de la Compañía y del espíritu de San Ignacio. Indicaba algunas medidas para enfrentarla y, lo más importante, hacía ver que solo con los sujetos de Europa sería imposible “que las provincias de Indias sean fomentadas y conservadas”250.

Otro de los asuntos a los que se abocó Juan Sebastian, en su segundo gobierno, fue el de las visitas de idolatría. En junio de 1609, el sacerdote Francisco de Ávila, “descubridor” de las prácticas idolátricas en algunos pueblos de la diócesis de Lima, solicitó al rector del colegio San Pablo, Diego Álvarez de Paz, su colaboración para llevar adelante un proceso de reevangelización251. Este, con el parecer favorable del padre Juan Sebastián, en ese entonces Prefecto de Espíritu de dicho colegio, envió a los padres Pedro Castillo y Gaspar Montalvo252. Según el cronista Jacinto Barrasa, el provincial Esteban Páez había autorizado tal participación de los padres de la Compañía en esas actividades, lo cual resulta del todo lógico, dada la significación de una empresa de esa naturaleza253. Ante lo descrito, resulta pertinente preguntarse por qué Francisco de Ávila recurrió a la Compañía de Jesús para tal iniciativa. No es aventurado suponer que estuvo motivado por la admiración que sentía por dicha orden, en cuyo colegio del Cusco estudió254, amén de que había reunido en su biblioteca particular numerosos autores de dicha religión255, a la vez que valoraba su labor evangelizadora256 y a la que incluso habría pretendido ingresar257. ¿Y qué llevó a la Compañía a involucrarse institucionalmente en las visitas de extirpación? La lucha contra la heterodoxia formaba parte de la identidad de la Compañía y la labor misionera era uno de los medios que consideraba idóneos para superar la ignorancia y el error, al punto que esa actividad se constituyó también en un elemento determinante del quehacer de la Orden. La campaña antiidolátrica fue asumida por la provincia peruana como parte de esa política misionera258, e incluso como un estímulo de la misma259, aunque tenía un elemento represivo que la diferenciaba de la tradicional labor pastoral y evangelizadora que realizaba260. Además, no puede dejar de considerarse la existencia de un trasfondo que le da coherencia a todo lo anterior: el mito del origen de la Compañía –previamente comentado– que atribuía su existencia al cumplimiento de una misión providencialista que implicaba la lucha contra las expresiones heréticas.

El padre Juan Sebastián, desde un comienzo, se comprometió con la lucha antiidolátrica. En 1610, firmó la carta anua de 1609 que refería los ritos practicados en San Damián, Huarochirí261. También, asistió a la reunión con el virrey marqués Montesclaro en la que Francisco de Ávila le presentó los ídolos que había descubierto en la doctrina de San Damián262 y, en la carta anua de 1610, que lleva su firma, dedicó un apartado específico a las misiones en Huarochirí y a las idolatrías indígenas263. Su inquietud por la evangelización de los indios y la extirpación de las idolatrías se remontaba a su etapa como rector del colegio de Potosí, en donde, al decir de su hagiógrafo, realizó una importante labor evangelizadora y “desarraigó la idolatría de todos aquellos pueblos”264. Durante su primer provincialato, se había comprometido con la política y la identidad misionera de la Compañía definidas por Acquaviva, lo que se reflejó en su postura favorable al aprendizaje de las lenguas indígenas por los padres. En la carta anua de 1609, se mostraba partidario, a raíz de la información aportada por Francisco de Avila, de reimpulsar la acción misionera, lo que llevó a la práctica, en los años siguientes, a través de las visitas contra las idolatrías, las cuales, en cuanto misiones volantes, alcanzaron en promedio a diez por año265.

El padre Juan Sebastián, a través de las cartas anuas y de la correspondencia personal, de la que solo se tienen referencias indirectas, informará al general Acquaviva de la manera como se involucró la provincia en ese proceso y del desarrollo y de los logros que la actividad tendría año tras año266. Siempre presentó esa tarea como parte de la acción misionera de la Orden. Se destacaba el papel pastoral, de predicadores, catequizadores y confesores de los padres que participaban en las visitas en calidad de acompañantes del juez visitador de idolatrías267. Como señala Paolo Broggio, era la manera de justificar ante la curia generalicia de la Compañía la colaboración con la lucha antiidolátrica268. Con todo, en las mismas cartas anuas, quedaba en evidencia que las visitas contemplaban una vertiente represiva, que violentaba la libertad del indígena. En la de 1609, se afirmaba que mientras los padres les predicaban y catequizaban a los indios, el doctor Ávila atendía “a todo lo demás como es inquirir y descubrir los ídolos, escribir acusaciones, denunciaciones y sacar la verdad en limpio”269. La de 1610 incluso refiere cómo los indígenas se habían quejado ante el virrey y el arzobispo de la actividad inquisitorial del doctor Ávila270. En la de 1612, el apartado referente al tema se titula “Misión a los indios idólatras de la comarca de Lima” y comienza recordándole a Acquaviva que, en los años pasados, le había escrito largamente sobre “esta peste general que tan destruida tiene esta provincia y lo más de este reino”271. Para confirmar aquello le manifiestaba que cada día se descubrían más idólatras, al extremo que nadie dudaba de la magnitud del problema, lo cual hizo que el virrey y el arzobispo colaboraran con limosnas para financiar las misiones, cuyo éxito no resultaba fácil por la acción del demonio, que protegía a los hechiceros y a los idólatras, y obligaba a la Compañía a aportar más padres y estos a redoblar sus esfuerzos. En uno de los pueblos, donde los padres estuvieron por tercera vez, lograron finalmente la victoria al descubrirse sus ídolos, destruirse las huacas “y manifestado y castigados sus hechiceros y hechas sus confesiones generales”272.

En consecuencia, la curia generalicia y el padre general estaban bien enterados del carácter que tenían las visitas de extirpación, aunque se las presentara como misiones volantes. El general las apoyó formalmente, pues, a comienzos de 1613, en respuesta a una carta de Juan Sebastián, en que le informaba sobre la misión que se efectuaba en la diósesis de Lima, le dice que “será bien proseguirla mientras durare la necesidad especial de esas almas”273. Tan al tanto estaba del carácter de las misiones que casi al mismo tiempo contestaba otra al doctor Francisco de Ávila, en respuesta a una suya. Acquaviva valoraba la colaboración prestada por el provincial y el rector del colegio de San Pablo “con una obra de tanto servicio” al acudir “con algunos de los nuestros”, por “lo mucho que deseo su verdadera conversión [de los indios] y aprovechamiento en la virtud y piedad cristiana”274. En suma, el padre Juan Sebastián, en su segundo mandato como provincial, desempeñó un papel relevante en la génesis y el desarrollo de las visitas de idolatría. Sin su compromiso con ellas, difícilmente hubieran tenido la orientación y el alcance que lograron. Embarcó a la provincia en dicha empresa, logró la adhesión de las autoridades romanas y les dio un respaldo durante todo su gobierno, lo que facilitó su proyección.

En forma paralela a las visitas de idolatría, el provincial debió hacer frente a un complejo problema interno. Antes de que asumiera el segundo mandato, el general Claudio Acquaviva le manifestó que, en su calidad de futuro provincial, debería atender a su remedio y hacer cumplir lo indicado en comunicaciones anteriores275. El asunto tenía que ver con la enseñanza que impartían los maestros de teología escolástica del colegio San Pablo de Lima. Estos discrepaban acerca de la interpretación de la doctrina de Santo Tomás que debería seguirse: la de los antiguos o la de los modernos. Se trataba de la reproducción en América de la controversia que habían generado en España los escritos y las enseñanzas de algunos teólogos de la Compañía, como Francisco Suárez y Antonio Padilla, que otros miembros de la Orden consideraron poco afectos a Santo Tomás276. En Lima, las diferencias de opinión habían generado una situación compleja, debido a que algunos maestros se referían de manera despectiva a autores de la Compañía. Para el padre Juan Sebastián, el tema era especialmente sensible, pues las críticas apuntaban nada menos que a Francisco Suárez, por quien tenía una profunda admiración desde la su etapa en Alcalá de Henares. Al parecer, uno de los críticos del eximio teólogo jesuita, de quien decían que no era tomista, fue Juan Pérez Menacho que, en 1601, había asumido la cátedra de Teología en el colegio de San Pablo y en la Universidad de San Marcos. El general Acquaviva, en 1609, había instruido al provincial Esteban Páez para que no permitiese opiniones contrarias a lo establecido en la quinta congregación general277 y que no se criticara a autores de la Compañía que gozaban de gran prestigio en las universidades europeas, verbigracia Francisco Suárez. Como también aquel padre seguía un camino diferente de los demás de la Compañía en la controversia de auxiliis, le pedía al provincial que hablara al respecto con Pérez Menacho278.

Una vez que Juan Sebastián se encontraba como provincial, el general Acquaviva le hizo presente que, no obstante las instrucciones dadas a su antecesor, la disputa se mantenía e incluso había trascendido a tal extremo que, a raíz de las opiniones críticas contra teólogos de la Orden, el deán de la catedral de Lima había impedido citar públicamente en la Universidad a los autores de la Compañía cuestionados279. En vista de ello, le encargaba que informara a toda la comunidad de las políticas sobre la materia y, de insistir algunos en su postura, no trepidara en reprimirlos con penitencias e incluso les prohibiera sus lecturas, es decir, sus clases280. En 1612, el prepósito general volvía a insistir sobre el tema en cartas a Diego Álvarez de Paz, rector del colegio de San Pablo, y al propio Juan Pérez Menacho, a quien, en forma muy comedida, le decía “que no desprecien a lo que acá es tan alabado y estimado entre personas doctas y en muchas universidades con mucho crédito de la Compañía”281. Al provincial, a su vez, después de recordarle una carta enviada el año anterior sobre el tema, le indicaba que actuara removiendo de su cátedra a los que contravinieran sus órdenes282. Coincidentemente con el despacho de esa correspondencia, el provincial desafectaba de su cátedra al padre Juan Perlín283. Esa determinación fue consecuencia de las opiniones expuestas en sus clases sobre los autores de la Compañía, como el propio general lo señalaba en una carta posterior284. A raíz de esto, se generó una intensa conmoción en la provincia; los padres se dividieron entre los que la apoyaban y los que estaban en contra. Las quejas llegaron a Roma y el general, después de ponderar las razones de unos y otros, le ordenó al provincial que restituyera en su cargo de lector al padre Juan Perlín285. De hecho, quedó muy descontento de la forma como había manejado el asunto y llegó a señalar que pudo gestionarlo de otra manera, “sin tanta demostración y ruido, dentro y fuera de casa”286. Le reprochaba que no hubiese conversado primero con el padre Perlín sobre el problema y que, si a pesar de ello no hacía caso, debió proceder a separarlo de la cátedra287.